Danke für den Hinweis.
Ich hab eine Lösung gefunden, via root auf dem Desktop angemeldet, die 'alten' Ordner verschoben, dann die 'alten' User angelegt, anschließend die Daten wieder retour kopiert und mit
sudo -u www-data php occ files:scan --all
die Daten eingelesen, dauert zwar etwas, aber funktioniert. 
Trotzdem vielen Dank für die Unterstützung, ich hab wieder mal viel gelernt.
Dann solltest du deine Sicherung da wieder reinkopieren und den Befehl noch einmal ausführen
Gestern zu später Stunde habe ich dann noch eine große Charge mit dem Befehl
sudo -u www-data php occ files:scan --all
eingelesen, lief 11 Minuten, Anzahl der Dateien war 5 stellig, und die Ordner waren mehrere Tausend. Schade dass man keine Anzeige bekommt was sich tut, so musste ich mich schon auf die Hände setzen, ansonsten hätte ich nicht die Geduld für die Warterei aufgebracht.
ansonsten hätte ich nicht die Geduld für die Warterei aufgebracht.
Ja, manchmal muss man die Hände am Tisch festnageln. 
sudo -u www-data php occ files:scan --all
Da mich das lange Warten genervt hatte, kurz gesucht und hier das Ergebnis:
Oder nur von einem bestimmten User:
sudo -u www-data php occ files:scan Beispieluser
Quelle: https://doc.owncloud.com/serve…n/server/occ_command.html
Und so nur von einem bestimmten User ein bestimmtes Verzeichnis:
sudo -u www-data php occ files:scan --path="/Username/files/Bilder/"
Quelle: https://howtodotech.de/nextclo…filesscan-neu-einscannen/
Man muss zwar immer noch warten, aber es werden nicht schon 'fertige' User erneut eingelesen, das System wird also etwas entlastet. Und natürlich kann man so auch nur bestimmte Ordner erneut einlesen.
