Du solltest zunächst deine Idee weiter vervollständigen und zum Beispiel die Frage klären wie die beiden PI's miteinander kommunizieren - erst wenn deine Idee vollständig ist macht es Sinn darüber nachzudenken welche Programmiersprache bzw Version dafür am besten geeignet wäre
Wenn die beiden PI's dicht beeinander stehen käme vielleicht ein Kabel auf den UART pins (RX / TX) in Frage, wenn die aber zu weit voneinander weg stehen käme meines erachtens entweder nur der Aufruf über den Webserver (also php) in Frage oder man baut sich etwas über das telnet Protokoll selber bzw mithilfe netcat's ...
Zur python Version kann man aber sagen das v3 umfangreicher und mächtiger ist als v2, es haben sich aber leider auch einige Befehle geändert die nicht mehr miteinander kompatibel sind (v3 ist also nicht vollständig zu v2 Abwärtskompatibel) und deshalb auf dem PI immer noch mit v2 programmiert wird und auch die meisten Tutorials usw für v2 sind (es sei denn es steht dort explizit 'für v3' dabei...)