Was mir hier besonders aufgefallen ist, dass besonders der Dateityp MPG davon betroffen ist. Ich habe hier ein Liste nun aus dem dreifachen Vergleich, wo besonders viel solche Videofiles alle in diesem Format, den gleichen HASH wert haben, zum Teil nur wenige Byte, bis einige KByte groß sind, aber bei Vergleich in der Wiedergabe offensichtlich fast den selben Inhalt haben !? 
Kann es sein, dass es sich bei den Dateien, die nur aus wenigen Bytes bestehen, um Links auf größere Dateien handelt? Ein Video, selbst ein kurzes mit geringer Auflösung ist sofort im höheren kByte-Bereich.
Wenn es symbolische Links sind, dann musst Du aufpassen, dass der Link gelöscht wird und nicht die tatsächliche Videodatei. Und ja, symbolische Links gibt's auch in Windows bis runter zum Dateisystem VFAT: Es sind die sogenannten Verknüpfungen.
MD5-Prüfsumme oder andere Hashalgorithmen:
Ihnen allen gemeinsam ist, dass nur ein exakt gleicher Inhalt zum gleichen Hashwert führt. Ändert sich auch nur ein Bit in nur einem Byte der zu hashenden Datei, liefert ein (guter) Hashalgorithmus einen vollkommen anderen Hashwert. Dass Dateien unterschiedlicher Größe den gleichen Hashwert liefern, ist bei ausreichender Bitbreite des Hashalgorithmus praktisch unmöglich. (Auch wenn Google es vor ein paar Jahren geschaft hat, sogar SHA1 zu knacken, indem es zwei PDFs mit unterschiedlichem Inhalt, rotes und blaues Rechteck, so manipuliert hat, dass der gleiche Hashwert herauskommt: Es wurden unter relativ hohem Rechenaufwand entsprechende Füllbytes in beide PDFs eingefügt, so dass am Ende der Hashwert beider Dateien gleich war)
Grundsätzlich sind für mein Dafürhalten zur Videoprüfung auf Ähnlichkeit ganz andere Algorithmen heranzuziehen. Selbst die (verlustfreie) Umwandlung in ein anderes Videoformat bedingt aus obigen Gründen abweichende Hashwerte. Das Hashen taugt nur zum Vorsortieren und Eliminieren von Duplikaten.
EDIT1:
Gut, den Videohash kenne ich jetzt nicht, aber ich schätze, dass sich auch der die Zähne ausbeißt, spätestens wenn sich die Videoauflösung ändert. Im Wesentlichen bleibe ich bei meiner persönlichen Einschätzung aus Beitrag #27.
EDIT2:
Beinhalten die Videodateien Metadaten? Dann könnte man die extrahieren und vergleichen...
Bei den alten Dateien aus ursprünglich analogem Material sind die Metadaten wahrscheinlich leer oder immer gleich.
EDIT3:
noch eine Idee:
Die Länge der Videos ermitteln und alle Dateien ausspucken, deren Länge sich um weniger als 2(?) oder 5(?) Sekunden unterscheidet
Siehe 
