Leider sagen solche Messungen wenig aus. Du kannst auch eine Messstrippe Erden und eine in die Luft halten und "hohe" Spannungen messen. Das hängt sehr stark vom Messgerät ab (Innenwiderstand, Frequenzbereich,...) und vom möglichen Strom. Sobald aber Ströme im uA Bereich fließen, bricht die Spannung gegen 0 zusammen.
Ein denkbarer Fehler wäre aber tatsächlich, dass die Trennung zur Primärspannung zu schlecht ist. Das könnte auch dazu führen, dass zu hohe Spannungen gegen Erde entstehen. Normalerweise sterben aber in solchen Fällen die Ausgänge, die wenig Strom vertragen (GPIO, HDMI,...). Selbst die müssten eine Erdverbindung haben.
Vielleicht ist doch (unbewusst) eine zu hohe Last angelegen? Das würde ich bei dem Fehlerbild noch immer am ehesten vermuten... Überspannung würde eher diverse Spannungsregler killen und nicht primär zu überhöhten Strömen führen.
Meine persönliche Einschätzung...