Das Problem hatte ich auch von Beginn an mit RPi 3B und Raspbian Stretch. Siehe hier. In Betrag #7 habe ich ein Workaround beschrieben. Kannst du ja mal probieren und berichten, ob es bei dir funktioniert.
Leider bringt es bei mir keine Abhilfe, die Datei ~/.config/autostart/LXinput-setup.desktop zu bearbeiten oder zu löschen.
Ich muss allerdings anmerken, dass ich nur die Beschleunigung der Maus einstellen möchte (Defaultwert = 5,0) und den anderen Werten bisher keine Beachtung geschenkt habe. Ich hab nun auch die anderen Werte mal komplett verstellt und siehe da, die Werte bleiben erhalten, selbst wenn ich die Datei ~/.config/autostart/LXinput-setup.desktop komplett ignoriere.
Mit EINER Ausnahme - die Mausbeschleunigung wird ignoriert, es sei denn ich stelle sie auf Minimum = 0 bzw. Maximum = 10. Abstufungen zwischen den Werten 0 / 5,0 / 10 werden ignoriert, auch wenn ich den Wert manuell in die Datei ~/.config/autostart/LXinput-setup.desktop eintrage.
Was ist das??