Ich habe nun eine Lösung gefunden. Die cfg-Dateien für die Controller befinden sich im Verzeichnis "retropie/configs/all/retroarch/autoconfig". Dort befindet sich im Ordner udev u.a. eine Datei "usb_gamepad______(NES).cfg".
Mein erster Ansatz war diese umzubennen, damit das System es nicht mehr finden kann und dann hoffentlich als nächstes auf den SNES-Controller (gleiche Dateibezeichung nur mit SNES) kommt -> erfolglos.
Zweiter Ansatz war die NES-Datei mit den fehlenden Buttons zu ergänzen -> erfolglos.
Dritter Ansatz war in der "retroarch.cfg". Dort finden sich die Zeilen "input_joypad_driver = udev" und "input_autpodetect_enable = true". Ich habe sowohl versucht autodetect auf false zu setzen, als auch beim joypad_driver von udev auf einen anderen Ordner mit eigener cfg-Datei zu verweisen -> erfolglos.
Vierter Ansatz war den kompletten autoconfig-Ordner umzubennen in "autoconfig_original" und einen neuen Ordner zu erstellen und diesen "autoconfig" zu nennen. Dort habe ich noch einen Unterordner "udev" erstellt und dorthin nur die "usb_gamepad______(SNES).cfg" reinkopiert. -> funktioniert. Das System greift jetzt auf meinen neuen Ordner zu und ich brauche nur noch die Dateien zu meinen Controllern reinzukopieren. Habe es noch mit einem PS3-Controller getestet. Erst konnte keine Konfiguration gefunden werden, als ich diese dann in den neuen Ordner gepackt habe, lief alles normal.
Die erfolglosen Ansätze habe ich hier mit reingeschrieben, falls jemand das gleiche Problem hat und evtl. eine bessere Variante findet. Ich denke über "retroarch.cfg" müsste es auch irgendwie funktionieren.