Im Menü -> Zubehör ist der "SD Card Copier" zu finden. Damit sollte es möglich sein die SD Karte auf einen an USB angeschlossenen Massenspeicher zu kopieren. Davon sollte man auch einfach die benötigten Daten wieder auf SD Karte kopieren können.
Es gibt aber noch andere Möglichkeiten zu kopieren (z.B. mit rsync, cp, tar oder ...). Am besten man wählt immer das gleiche Dateisystem für Quelle und Ziel (in diesem Fall ext4). Das ist wichtig um Dateiattribute und Links beim kopieren zu erhalten. Mit tar sollte aber auch ein fremdes Dateisystem kein Problem sein. Kopieren über Netzwerk ist auch möglich und es gilt i.d.R. das selbe zu beachten.