Meine Lösung ist, alles neu zu machen. Habe die SD Karte formatiert und das Image neu aufgespielt. Vorher natürlich die Spiele gesichert. Danach direkt das Update gemacht, und bevor ich den Pi ausgeschaltet habe das Login Passwort geändert. Beim Hochfahren wollter er wieder das Login wissen, und es hat mit dem neuen Passwort auch geklappt.
Jetzt ist Retropie auf dem neuesten Stand und funktioniert wieder.
Nicht die beste Lösung, hat aber geklappt.