Ich empfehle folgendes Vorgehen:
1. Es werden zunächst feste Dateinamen für Batch-Dateien vereinbart, je nachdem, wieviele Dateien bei einem USB-Stick-Aktion voraussichtlich ausgeführt werden sollen.
2. Im Hauptprogramm werden diese Dateinamen in einem Feld - zusammen mit jeweils einer kleinen numerischen Variablen (ein Bit oder ein Byte (oder char) genügt) - gespeichert. Diese Variable soll zukünftig festhalten, ob die zugehörige Batch-Datei seit Einstecken des USB-Stick bereits ausgeführt wurde. Am Anfang der Programmabarbeitung werden diese Variablen auf Null gesetzt.
3. Dann beginnt der Zyklus. Im Zyklus wird zunächst festgestellt, ob eine der im Feld gespeicherten Dateien auf dem Stick vorhanden ist. - Wenn keine der festgelegten Dateien vorhanden ist, kann davon ausgegangen werden, dass der Stick nicht eingesteckt ist, und sämtliche Variable werden auf Null gesetzt.
Wenn eine der festgelegten Dateien auf dem Stick vorhanden ist und die zugehörige Variable auf Null steht (!), wird die Datei ausgeführt, und die zugehörige Variable wird auf Eins gesetzt (damit die Datei beim nächsten Zyklus-Durchlauf nicht wieder ausgeführt wird).
Wenn auf diese Weise alle Dateien geprüft (und eventuell ausgeführt) sind, kann man dem Gerät einen Schlaf gönnen (je nach Belieben), damit die anderen laufenden Programme auch zu ihrem Recht kommen, und dann geht der Zyklus wieder von vorn los.
Dateien, die einmal ausgeführt wurden, werden nicht ein zweites Mal ausgeführt, weil die genannte Variable, die dann auf Eins steht, das verhindert (s. 2. Absatz in Punkt 3).
Wenn allerdings der Stick herausgezogen wird, wird in einem Zyklus-Durchlauf festgestellt, dass überhaupt keine der festgelegten Dateien vorhanden ist, und sämtliche genannten Variablen werden auf Null gesetzt. Danach werden bei erneutem Einstecken des Sticks die vorhandenen Dateien wieder ausgeführt.
Programmtechnisch scheint mir das Problem nicht sehr kompliziert. Ich habe es in C programmiert, aber auch Python oder C++ sind geeignet.
Bei Bedarf bin ich gern bereit zu helfen.