Von einer Benutzung des User root wird dringend abgeraten, da dieser User keinerlei Einschränkungen unterliegt. Oder anders ausgedrückt: root darf alles und somit auch unbeabsichtigt Dinge ändern und löschen. Deshalb sollte man als root nur arbeiten wenn es denn wirklich notwendig ist und dann auch nur für die kurze Zeit. Dafür gibt es das sudo Kommando welches man den Befehlen voranstellt die als root ausgeführt werden sollen. Somit ist man genau für diesen Befehl einmal root aber danach sofort wieder ein normaler Nutzer.
Alternativ sollte man mit einem personalisiertem User arbeiten, der per Vorgabe weniger Rechte hat. Damit wird der User geschützt, ungewollt Schäden anzurichten.