Container bieten eine saubere Trennung zwischen dem Betriebssystem und der Anwendungssoftware. Da alle benötigten Bibliotheken direkt im Container-Image enthalten sind, werden Konflikte zwischen verschiedenen Programmen auf dem Raspberry Pi vermieden. Die bekannteste Plattform hierfür ist Docker, die es erlaubt, Anwendungen per Knopfdruck zu starten, zu stoppen oder zu aktualisieren. Ein großer Vorteil ist die Portabilität: Ein einmal konfigurierter Container läuft auf jedem Raspberry Pi mit der gleichen Prozessorarchitektur identisch. Da kein vollständiges Gast-Betriebssystem virtualisiert werden muss, bleibt mehr Rechenleistung und Arbeitsspeicher für die eigentlichen Aufgaben des Projekts übrig. Besonders bei Experimenten mit neuer Software schützt dieser Ansatz das Hauptsystem vor unerwünschten Rückständen oder Fehlkonfigurationen. Container-Orchestrierungstools können zudem helfen, mehrere Dienste gleichzeitig zu verwalten und deren Kommunikation untereinander abzusichern.
